Dizi boyunca birkaç kez bahsedilen din ve Tanrı meselesi Serial Experiments Lain tarafından sorgulanıyor. Kendini gösteren ilk büyük soru, Lain'in sonunda bir tanrıça olup olmadığıdır. Cevap "hayır"a doğru eğilimli görünüyor ancak eğer o her şeye gücü yetiyorsa ve bu dünyada her şeyde mevcutsa (hatta evreni yeni tanrısı OLARAK yeniden başlatmayı bile öneriyorsa) o zaman farklılaştırmanın anlamı nedir? Masami Eiri, kendisini bir tanrı olarak sunduğu ve takipçilerini ona "inanmaya" zorladığı için bir "tanrı" olarak oldukça sert bir şekilde eleştirildi; oysa Lain bunu doğal olarak gerçekleştirmişti.